生物信息|质谱专项生物信息学专题培训

华大基因学院 华大基因学院

首先,隆重介绍本次培训项目的

专家顾问

刘斯奇教授!


刘斯奇教授,国务院特殊津贴专家,是华大基因集团创始人之一。

早年先后于德克萨斯大学、贝勒医学院、路易斯维尔大学学习和工作,1999回国参与创建华大基因,长期从事基因表达调控及基因产物、结构与功能研究,从事以质谱技术为核心的肿瘤微环境蛋白质组、微量蛋白质组、非数据依赖采集定量蛋白质组、修饰蛋白质组与代谢组学技术研究与应用开发。

作为首席科学家曾主持并完成了国家科技部973项目 “蛋白质组海量质谱数据的解析及其在人类基因组注释中的应用”, 863项目“肺癌血清生物标记物的筛选及其应用”等国家级项目二十余项。

带领蛋白团队在国际高水平期刊发表90多篇文章。获得《酰基载体蛋白Ⅲ抗原表位、抗酰基载体蛋白Ⅲ抗体及其用途》、《非典型性肺炎病毒特异蛋白质和临床检测的方法及试剂盒》等授权专利20余项。


刘斯奇老师及其带领的质谱团队

在2017年7月24-28日

深圳华大基因总部7楼73A教室

精心呈现了

华大基因学院生物信息集训营

质谱专项生物信息学专题培训


下面,让我们共同回顾本期培训吧~


课程内容


第一讲:蛋白质的鉴定和质谱数据质控


生物信息工程师何燕斌老师为大家专业阐述了蛋白质组质谱数据的鉴定原理及过程,同时从谱图,肽段,蛋白等层次分别讲解相应的统计学质控方法及标准,并介绍了华大基因自主研发的多引擎鉴定工具iPeak。

除此以外,本节内容还总结了常见蛋白质组常用数据库(例如NCBI refseq数据库,Ensembl数据库,Uniprot数据库等)及相应选择方法,并简述数据提交的基本过程。课程的最后,何老师以14年发表于Nature上的关于人类蛋白质组草图绘制的文章作为案例,结合本节课程内容分析了这项研究工作的原理、流程与主要结果。


第二讲:定量蛋白质组学原理及应用


生物信息工程师赵容丽老师为大家介绍目前定量蛋白质组学主流方法、技术原理以及其具体应用,包括定量蛋白质组学中用到的常用软件与数理统计学方法。

最后,赵老师就目前华大主推的几款蛋白质定量产品进行了介绍,并重点介绍了华大基因自主研发的标记定量软件IQuant在标记定量信息分析流程中的应用。


第三讲:修饰蛋白组技术原理与应用。


生物信息工程师刘杰老师为大家讲解蛋白质组学研究中具有非常重要意义的内容——蛋白质翻译后修饰(即氨基酸残基上化学基团的添加或丢失)的鉴定。

课程内容包括了修饰蛋白组研究的背景与应用介绍,修饰蛋白组鉴定与定量的具体原理、技术、策略。接着,刘老师以目前研究最为广泛的磷酸化蛋白组功能分析作为案例与学员分享交流了修饰蛋白功能分析中信息分析的关键点和数据库分析的使用、蛋白质组学分析软件及其应用。最后,刘老师也就华大的修饰蛋白组技术产品进行了简单介绍。


第四讲:非靶向代谢组学信息分析


生物信息工程师梅占龙老师为大家带来了代谢组学相关的研究内容介绍。

课程从代谢组学的简介开始,包括了代谢组学的建立发展史、相关概念、分类、研究的意义、应用方向、技术平台等内容。背景内容介绍结束后,梅老师将课程的重点放在了代谢组学研究策略中的峰提取与代谢物鉴定、数据处理及统计方法的介绍上。课程的最后,梅老师重点就华大自主研发的软件metaX的原理与使用进行了详细的讲解与演示。


第五讲:蛋白质组DIA大样本分析技术


生物信息工程师侯桂雪老师为大家介绍了Label free蛋白质组定量新趋势——蛋白质组DIA技术。

侯老师的讲解从DIA的技术原理开始,对比了不同定量蛋白质组技术的优缺点及适用范围。基于目前蛋白质组研究现状及方向,阐述了大样本DIA定量蛋白质组的平台建设的必要性及面临的挑战,DIA产品优势及工作流程,DIA优化结果展示及DIA应用实例——食管癌及结肠癌肿瘤标志物研究等,使学员们对于该技术的原理、使用及应用方向等内容有了较深刻的理解与掌握。


第六讲:基于质谱技术的靶向代谢组学及其应用。


生物信息工程师饶维桥老师为大家讲解了基于质谱技术的靶向代谢组学及其应用。

该技术相对于全代谢组分析而言,具有特异性强,检测灵敏度高和定量准确等特点。因此,通过对血液、尿液或其它体液以及组织中某一特定的代谢物的富集与准确定量定性分析,一方面可以结合其它实验数据揭示相关的分子生物学作用机制,另一方面也可以为后续代谢分子标志物的深入研究和开发利用提供有力支持。

在接下来的课程时间中,饶老师将重点放在了靶向代谢组学技术的应用上,结合目前热门的精准医学领域,对临床质谱项目进行了一一介绍——新生儿遗传代谢病检测、25羟维生素D检测、类固醇激素检测、维生素检测、氨基酸检测等。


学员评价荟萃

本期学员均是来自华大各体系业务部门、市场部门、科研部门的员工;也有部分学员是华大基因学院联合培养的学生。为了达到最优培训效果,坚持中班教学,理论加上课堂研讨的授课模式。

课程培训者对所讲内容理解透彻,讲解通俗易懂。

通过培训全面了解华大质谱技术分析方法,意识到自己在专业领域的欠缺。

系统了解质谱产品,拓展思路,对自己的项目有更深的想法。

感谢学院提供此次培训机会,培训内容安排合理,能了解到蛋白质组学数据产生及分析流程,对课程很满意。

讲师专业、耐心、负责,讲解由浅入深,掌握不错。

讲课实战经验极其丰富,对蛋白组学有了整体更深的认知。

联合分析,很实用,给予新的研究提示,对自己今后的实验思路有了新的提升。

对蛋白质组进行生物信息学分析有了比较清晰的认识,感谢,希望以后能有更多这样的交流学习机会。


看完本期培训班的学员满载而归,您是否也渴望加入学习队伍呢?

华大基因学院后续仍不定期组织面向内部员工和外部客户的生物信息类培训,了解最新培训动态请关注“华大基因学院微信公众号(ID:bgicollege)”。


 质谱专项介绍

华大质谱专项拥有从研发、生产、信息分析一体化的专业团队。

主要进行蛋白质组学和代谢组学的全谱分析、定量分析、蛋白修饰分析和目标蛋白、多肽和各种小分子的分析检测,同时结合基因组、转录组数据展开贯穿性多组学科研项目。

目前,已在人类染色体蛋白质组学计划(c-HPP)、新生儿遗传代谢检测、耳聋基因筛查等众多科研及产业项目中取得重要成果。

后续将充分发挥质谱平台的优势,立志于在医药、环境、农业、系统生物学领域尤其是人类健康相关的疾病方面有所突破。希望利用科学发现带动产业发展,为产业化提供充足的理论依据与方向。

华大质谱位于华大基因二办四楼,拥有高通量蛋白质提取、代谢物提取平台;高通量质谱分析平台,占地面积2000平方米;拥有Q-Exactive、LTQ Orbitrap Velos、Triple TOF 5600、Q TRAP 5500、T-QS、G2-XS-QTOF等高分辨质谱仪共13台,其高灵敏度、高分辨率、高精度的性能使其在小分子和大分子检测领域拥有强大的分析能力。

质谱专项拥有一支高水平信息分析团队,对质谱仪产生的数据进行分析处理,还能对蛋白质组学、代谢组学的分析软件进行开发、优化;拥有一支高水平的科研团队,掌握先进的蛋白质、代谢组学研究技术、并对其进行不断优化。

目前实验室已建设提升为深圳市蛋白质组学工程实验室、广东省蛋白质组学工程实验室。正在申请提升为国家、地方联合工程实验室。


在此,衷心感谢刘斯奇老师及其所带领的质谱团队精心为大家呈现本期优质培训课程~~


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